关于公司按基本工资5%交公积金的合法性，可依据《住房公积金管理条例》第十六条进行分析。《住房公积金管理条例》（2019年修订版）第十六条规定：“职工住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资乘以单位住房公积金缴存比例。”此处“上一年度月平均工资”应包含基本工资、绩效、奖金等全部工资性收入。公司仅以基本工资作为缴存基数，未将绩效纳入计算，违反了该条款对缴存基数的法定要求。若公司无合法依据（如地方特殊政策、职工书面协商且备案），则其按基本工资5%交公积金的行为不符合法律规定。
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针对公司薪资由基本工资和绩效构成却只按基本工资5%交公积金的问题，其合法性需结合具体情况判断。公司仅按基本工资的5%缴纳公积金通常不合法，但存在特殊情形需区分。1.若公司所在地区无特殊政策，且未与职工协商一致：根据《住房公积金管理条例》，缴存基数应为职工上一年度月平均工资（含基本工资、绩效等全部工资性收入），仅按基本工资缴纳属于未足额缴存，不合法。2.若公司与职工书面协商一致按基本工资缴存：需确认协商是否符合当地公积金管理中心规定，若未经中心备案或违反强制缴存要求，仍可能不合法。3.若当地有特殊政策允许按基本工资缴存：例如部分地区对小微企业有阶段性优惠政策，明确可按基本工资作为缴存基数，则该行为合法。
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公司按基本工资5%交公积金的合法性，可能因以下特殊情况发生变化。1.地方特殊政策：部分地区对特定行业或企业有优惠政策，允许按基本工资缴存公积金。例如：某地规定小微企业可在疫情期间按基本工资的5%缴存公积金，期限为2年，此情形下公司行为合法，但需符合政策期限和申报要求。2.职工书面协商一致：若公司与职工签订书面协议，约定按基本工资缴存公积金，且该协议经当地公积金管理中心备案，則行为合法。但若协议未备案或职工事后主张受胁迫签署，协议可能被认定无效。3.公司经营困难申请缓缴：公司因经营严重困难，向公积金管理中心申请缓缴或降低缴存比例，经批准后可暂按基本工资缴存，但缓缴期限一般不超过1年，到期需恢复正常缴存。
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公司按基本工资5%交公积金可能引发以下法律风险，需警惕。1.公积金补缴及罚款风险：若员工向公积金管理中心投诉，公司可能被责令补缴少缴的公积金（含单位和个人部分），还可能被处以1-5万元罚款。例如：某公司仅按基本工资缴存公积金，经员工投诉后，被要求补缴3年的差额共12万元，并罚款2万元。2.员工诉讼风险：若公司拒绝补缴，员工可向法院起诉要求公司履行缴存义务，法院通常会支持员工的合法诉求。例如：某员工因公司少缴公积金影响房贷额度，起诉后法院判决公司按实际工资补缴，并赔偿因贷款额度不足导致的利息损失。

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